晶体管和微处理器的制造技术可以应用于微通道的制造和芯片的集成。因此，微流控技术的历史带我们去了第一次月球探险，从我们的打印机头到我们的医学应用。
50年代见证了第一个晶体管的发明和发展。微流控技术由半导体制成，逐渐取代了以前用于制造电子设备(收音机、电脑……)的照明器具。
到了60年代，通过预算为250亿美元的阿波罗宇宙研究计划，开展了一个计算机小型化的研究项目，目的是把它带到宇宙，特别是月球。光刻等技术的发展，使成千上万个晶体管小型化，可以集成在半导体晶片上，其中主要是硅片。这项研究产生了世界上第一个集成电路，之后产生了第一个微处理器。
80年代，第一个含有机械微元素集成在硅片上的装置被制造出来，用于使用微电子工业开发的硅蚀刻工艺。这些新器件被称为微电子机械系统(MEMS)，特别是在压力传感器和打印机头领域得到工业应用。
90年代，许多研究者试图探讨MEMS在生物学、化学和生物医学领域的应用。这些应用控制了液体在微流控中的运动，推动了微流体技术的发展。一项主要研究是开发芯片上的实验室，使一个微芯片能够集成生物、化学、生物医学反应检测所需的全部操作过程。当时，许多微流体装置仍然由硅和玻璃制成，因此必须配置微电子产业的昂贵设备。
21世纪初，压印成型PDMS等微通道的聚合物技术发展迅速。这些装置降低了成本，缩短了生产时间，使许多实验室能够进行微流体的研究。今天，成千上万的研究者正在努力扩大微流体的应用领域，特别是生物学、化学和生物医学领域。